四川大学中西医结合学科始建于 1956 年，是西医院校首批建立的中西医结合学科。分别于 1986 年、2003 年获得二级学科硕、博士学位授权，2005 年获得一级学科博士学位授权，2014年获批为博士后科研流动站。依托百年历史综合性大学临床医学院和大型综合医院，以中西医创新结合的理论探索、实践应用、人才培养为重点，以学科交叉融合为模式，打造临床与基础结合、中医与西医结合、国内与海外结合的一流学科队伍，建设国内领先、国际知名的中西医结合临床亚专业体系和前沿临床基础研究平台。获评卫生部国家临床重点专科、国家中医药管理局重点学科及“十一五”/“十二五”重点专科、全国综合医院中医药工作示范单位。2016 年“中西医结合临床”重点学科通过国家中医药管理局“优秀重点学科”验收。在前两次教育部一级学科评估中取得全国前三、前四的优异成绩，2017年一级学科评估中取得总体评级为B+。以中西医结合学科发展推进学位点建设，在专业方向设置、教育资源共享、科技平台支撑、一流人才引进等方面为学位点的发展提供了强有力的支撑。
中西医结合一级学科博士学位授权点和硕士学位授权点下设中西医结合临床和中西医结合基础2个二级学科。中西医结合临床包括中西医结合消化、中西医结合呼吸和针灸学三个亚专业，形成了急性胰腺炎的基础与临床、慢性阻塞性肺疾病的基础与临床应用、哮喘的临床及应用基础研究和针灸临床研究4个稳定的研究方向。中西医结合基础主要依托中药药理研究室和代谢组平台，开展基于疾病的方剂和天然药物研发及转化、急性胰腺炎代谢组学研究。
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