四川大学华西医院高原医学中心，实行首席科学家负责制，下设高原医学科、高原医学研究院（高原医学四川省重点实验室）、高原医学教研室和高原医学现场研究基地。高原医学中心现有首席专家1人，学术顾问1人，博士生导师6人，硕士生导师4人。已形成集高原医学临床、教学、科研、管理于一体的完整的学科体系和高原医学领域创新高地。
高原医学科为国家临床重点专科建设项目，着力开展急慢性高原病和高原相关疾病的防诊治康、临床研究及创新转化。设有高原呼吸、神经、心血管、睡眠、血液等多个亚专业学科。同时，打造了高原疾病多学科（MDT）诊疗专家团队，形成了从门诊－住院－远程－互联网多个层面的高原疾病诊疗服务模式。
高原医学教研室负责高原医学研究生招生培养、高原医学相关教学及高层次人才培养，开设高原医学本科及研究生课程，并设置硕士、博士研究生招生方向，面向社会招聘高原医学相关博士后，拥有深厚的学术传统和良好学术氛围，多年来培养出一大批在国内外具有一定影响的高原医学专家。
高原医学研究院（高原医学四川省重点实验室），聚焦急慢性高原病的关键发病机制与早期预警，传统中藏医药的循证评价与新药研发，高原医疗设备研发与可靠性评价。近5年承担高原病及高原相关疾病科研课题114项，其中国家自然科学基金、国家重点研发计划等国家级项目57项，省部级项目43项，总科研经费逾2亿元；在急慢性高原病及高原相关疾病领域，发表科研论文498篇，获批专利23项，成果转化7项，转化总费用445万元；实验室成员牵头或参与获各级各类成果奖14项。
高原现场研究基地为四川大学华西医院高原医学中心新都桥现场研究基地（3300米）和四川大学华西医院西藏医院（3600米）。
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