王坤杰教授是华西医院泌尿外科修复重建及结石亚专业负责人，带领团队经过长期建设，华西医院泌尿系修复重建、泌尿系结石微创治疗亚专业已成为该领域全国最顶尖的亚专科团队之一，同时王坤杰教授本人也获得 “第十三批四川省学术和技术带头人”、“第十三批四川省有突出贡献优秀专家”、“天府万人计划—天府名医”等荣誉称号。
由于手术难度大，精细程度要求高、病情易复发等特点，泌尿系修复重建亚专业一直被泌尿外科医师公认为泌尿外科最为挑战的亚专业方向之一。而在这一最具挑战的专业领域，无论是科研还是临床工作，王坤杰教授均取得了突出的成绩。在临床工作实践中，王坤杰教授勇于探索泌尿系修复重建的新方法，不仅先后在全国率先开展了多项尿道重建的创新术式应用（尿道狭窄粘膜外翻吻合、口腔粘膜修复尿道狭窄及经会阴直肠联合入路尿道直肠瘘修补等），获四川省科技进步一等奖，而且在输尿管狭窄修复重建这一高难度领域也勇于探索，率先开展达芬奇机器人辅助下输尿管狭窄非离断成形，游离移植物输尿管狭窄镶嵌成形等创新手术，临床实力达到国际先进水平。吸引加拿大西安大略大学、香港中文大学等著名院校医生和学者前来学习。15篇发表的论文被国际顶级指南-欧洲泌尿外科指南引用，学术水平在修复重建领域的领先地位得到了国内广大泌尿外科同仁的一致公认，因此王坤杰教授被推选为中国医师协会泌尿外科医师分会修复重建学组副组长，同时作为主要负责人牵头成立了中国泌尿外科修复重建联盟并担任秘书长，联盟每年定期举办学术会议、交流活动及项目培训，在全国培养了一大批高水平亚专业人才，为我国泌尿系统修复重建整体水平的提高做出了突出贡献。目前，带领团队已完成各类疑难复杂泌尿系修复重建手术数千台，远超众多国际知名医学中心的手术量。每年收治大量全国转诊而来的患者（包括北大、浙大、中山等知名大学附属医院大夫推荐转诊而来的患者）。在王坤杰教授带领下，四川大学华西医院泌尿系修复重建亚专业在该领域已成为当之无愧的全国疑难重症的诊疗中心。
同时，王坤杰教授也擅长泌尿系结石的诊断和治疗，特别是在泌尿系结石的微创治疗领域有着很高造诣，是国际著名泌尿外科杂志Journal of Endourology编委。王坤杰教授团队是全国最先开展经自然腔道输尿管软镜碎石取石技术的团队之一。作为国内率先开展输尿管软镜技术的团队，在熟练掌握相关技术规律后，大力推进输尿管软镜在国内的推广与运用，连续11年开展相关技术的高水平培训班，在全国培训了一大批掌握泌尿系结石微创治疗的泌尿外科医师，取得非常好的社会效应，显著提高了国内泌尿系结石微创技术水平。作为首席专家，带领亚专业团队成为全球腔道泌尿外科协会在中国的首个合作单位，并成功联合举办多次全球培训班及国际同步手术转播（美国、加拿大和中国），同时也成为SIU（国际泌尿外科协会）认证的培训中心，是中华医学会泌尿外科学分会西南泌尿系结石防治中心，中华医学会全国县级医院人才培养计划泌尿结石培训基地的依托单位。王坤杰教授在结石治疗领域的造诣也受到国际泌尿界的广泛认可，不仅受邀担任国际腔道泌尿外科协会委员（Endourology Society）（中国仅3人），还先后受邀在加拿大、沙特、韩国、约旦等国进行手术演示并对当地医师进行技能培训，学术地位不仅在国内处于领先水平，也获得了国际泌尿外科界的广泛认可。同时也针对泌尿系结石的发病机理进行了深入探索，率先提出了肠道菌群是泌尿系结石发生发展的关键性因素，为泌尿系结石的预防提供了崭新的思路，研究结果受到国内外专家同行的肯定，多次受邀在AUA（美国泌尿外科医师协会年会）、EAU（欧洲泌尿外科医师年会）、WCE（世界腔道泌尿外科大会）等重要国际学术会议上作相关研究的专题发言。
王坤杰教授在高质量开展临床工作的同时，也高度重视相关科学研究的开展，很好的将科研与临床工作有机的结合起来。负责国家自然科学基金5项，负责项目总计 23项（总经费 528万元），其中国家级项目5项（总经费279万）；省部级11项（总经费173.1万元）。获国家专利3项，以第一作者和通讯作者身份发表国际期刊学术论文120篇。15篇论文被行业最具影响力的欧洲泌尿外科指南收录。在其中的尿道狭窄指南就有4篇文章被引用，有2篇为原创性临床研究成果。基于多年临床经验，王坤杰教授团队率先在国内开展多种尿道修复重建创新术式，并对华西医院泌尿外科丰富手术病例进行分析总结，形成团队特有的临床研究成果。
王坤杰教授曾荣获2016中华医学会泌尿外科学分会青年医师最高奖项-郭应禄泌尿外科青年医师奖、2012CUA基础研究学组会议优秀论文一等奖、2013CUA青年泌尿外科论坛优秀论文一等奖、2013CUA微创泌尿外科学术年会优秀论文金奖，2015、2017，2018《中华泌尿外科杂志》优秀编委。重要成果“基于泌尿系组织修复与重建的基础研究及临床创新与运用”于2010年获得四川省科技进步一等奖，并获四川省科技进步二等奖2项。是CUA《泌尿系统结石诊疗指南》及《泌尿系统损伤诊疗指南》的作者。人民卫生出版社《泌尿外科疾病临床诊疗思维》 副主编；科学出版社《实用泌尿外科手册》副主编。是《中华医学会泌尿外科分会全国泌尿系统结石诊疗指南》及《中华医学会泌尿外科分会全国泌尿系统损伤诊疗指南》的作者。参编全国高等学校医学研究生规划教材《泌尿外科学》及《泌尿系修复重建外科学》、《尿道修复重建外科学》、《下尿路修复重建手术学》等专著。是《Journal of Endourology》、《European Urology》、《Journal of Urology》、《现代泌尿外科杂志》、《中国循证医学杂志》的审稿人。
