曾先后任国际医学磁共振学会（ISMRM）的大会学术委员会（AMPC）委员、MR in Psychiatry学组主席，美国神经放射学会研究科学家委员会委员、美国神经精神药理学会 Associate Member。目前担任ISMRM Publications Committee委员、Workshop & Study Group Review Committee委员以及EDI task force成员，中国精神影像联盟第一届委员会副主席、中国认知科学学会神经与精神影像专委会常委兼秘书长、四川省医学会行为医学专业委员会副主任委员、四川省女医师协会医学影像专委会副主任委员等。现任Psychoradiology《精神影像学（英文）》执行主编。

黄晓琦研究员多年来致力于精神疾病和行为问题的影像学机制和临床转化研究，拓展影像学在传统放射学盲区——精神病学领域的应用。在新兴学科“精神影像学”领域积极开拓，促进学科发展并提升其国际影响力。采用磁共振成像、计算科学以及人工智能技术等探索神经精神疾病以及各种心理行为问题的生物学表征并探索影像与行为表征在精神科临床的转化应用。近五年来尤其针对磁共振引导TMS等神经调控技术的应用以及脑神经环路机制以及影像表征对疾病临床诊疗的潜在价值开展研究。

迄今在《PNAS》、《美国精神病学》、《生物精神病学》、《放射学》等杂志发表SCI论文210余篇。，在谷歌学术的H指数为61。主编/副主编书籍《3T磁共振临床应用》、《精神影像学》、《精神影像技术学》、《数字孪生导论》等。申请24项国家发明专利（获得13项），包括精神影像智能化管理系统、《精神影像一体化系统》、《一键式精神影像个体化脑功能报告生成系统、设备及存储介质》等；获得5项软件著作权。先后主持国家自然科学基金委面上项目3项、国际合作项目2项以及青年项目1项以及国家重点研发计划重点专项、四川省自然科学基金重点项目、四川省青年科技基金以及科技部863/973计划等。

荣获国家自然科学奖二等奖、四川省科技进步奖一等奖（2项），中华医学奖一等奖以及华夏医学科技奖一等奖，四川省科技发明奖二等奖等科技奖励。荣获四川省有突出贡献的优秀专家，四川省卫生健康委学术技术带头人，四川省学术和技术带头人等荣誉称号。

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