研究方向为生物标记物发现的理论与建模、医学数据共享与安全、智能健康管理和数字医疗、转化信息学。2008年回国以来在化学、生物学和医学等学科交叉领域开展疾病标记物发现、生物医学数据共享与安全、智能健康管理和转化信息学等方面的研究;主持国家项目10多项;发表200多篇学术论文、主编英文著作和规划教材等共10部。2012年以来在国际上倡导转化信息学,是国际会议ICTI的创始主席。
回国以来主持的国家级项目(10项):1). 疾病相关氨基酸变异与生物功能关系的模型建立、软件开发与高通量计算分析20872107 (化学学部);2). 整合分析组学数据、寻找前列腺癌相关的microRNA调控模块:31040020;3). 前列腺癌相关生物模块和通路的数据库构建及其功能分析31170795;4). 前列腺癌诊断、分级和预后相关的生物分子网络的构建和数学模拟91230117;5). 医疗信息集成融合技术与系统开发2012AA02A601;6). 基于网络分析寻找前列腺癌相关microRNA生物标志物31470821;7). 前列腺癌演变过程中的关键基因和模块及其作用机制31670851;8). 帕金森病生物数据整合和分析2106YFC1306605;9). 癌症寡转移标志物发现的信息学模型及其应用32070671;10). 激素敏感癌症的演化标志物发现: 知识引导的生物信息学模型32270690。