程南生目前任华西医院副院长、博导、美国华盛顿大学医学院访问学者、中华医学会胆道外科学组委员、中华医学会肿瘤学分会胰腺癌学组委员、四川省医学会普外科学组主任委员、四川省卫生厅学术技术带头人、中国医师协会医学教育委员会委员、四川省医师协会外科学组常委、中国医院协会门急诊委员会副主任委员、中国医师协会护理学组常委、多个杂志编委、参编全国卫生统编教材《外科学概论》、卫生部“十一五”规划教材、全国高等医药教材建设研究会规划教材《外科学总论》、外科住院医师培训教材《外科学》、《消化道疾病系统整合教材》等多本全国教材。
获国家自然科学基金、博士点基金等19项课题资助，发表论文190余篇；所率领的研究小组关于肝内胆管结石防治方面的研究与应用目前已得到国内、外学者的广泛关注，在国内外率先提出了应用胆道化学性栓塞来预防肝内胆管结石术后高复发的治疗理念，并完成了迄今为止最为全面的实验研究，在国际上首次也是目前唯一成功地将胆道栓塞应用于肝内胆管结石的临床治疗的一组研究。
发表国际英文期刊论文多篇，目前，国内、外在该领域内的相关综述均是由本课题组撰写和发表的。部分创新性治疗理念的提出可能会改变当今肝内胆管结石的治疗模式，研究成果在所属领域属国内领先，部分成果具有国际领先性，对我国肝内胆管结石治疗效果的提高有明显的推动作用。
