现任中国医师协会内镜医师分会副会长、中国抗癌协会胃癌专委会副主任委员、中国医师协会外科医师分会微创外科医师委员会副主任委员、中华医学会外科学分会胃肠外科学组委员、四川省卫生健康首席专家、四川省医师协会外科医师分会会长、英国皇家外科学院Fellow（FRCS）、亚洲腹膜表面恶性肿瘤学组执委。

胡建昆教授长期从事胃癌规范化及微创化外科治疗、食管胃结合部腺癌的综合治疗、胃癌多组学研究、胃癌耐药机制研究、胃癌肿瘤干细胞研究、胃癌肿瘤微环境等临床与基础研究。建立国内大型胃癌队列，在国内率先开展胃癌D2根治术、腹腔镜及机器人胃癌手术、胃癌MDT多学科协作、新辅助治疗等技术及治疗模式，创建腹腔镜探查“华西四步法”及“顺向式模块化腹腔镜胃癌根治术”等新术式，成立国内第一个实体化胃癌专病中心，使胃癌治疗水平达到国际领先。捕获人原代胃癌肿瘤干细胞，鉴定出多个特异性表面标识，为针对胃癌发病机制研究提供了靶细胞（Cell Res，2012）。国际首次发现预测胃印戒细胞癌化疗敏感性的特征性标识CLDN18-ARHGAP26/6，为胃印戒细胞癌精准医学研究提供了重要靶点（Nat Commun，2018）。在国际上报道我国食管胃结合部腺癌发病率增高的现状（Ann Surg，2016）。全面总结胃肠道菌群微生物在癌症的发生及发展中所起作用及相关机制，系统分析了当前新兴微生物疗法与癌症的外科手术、免疫治疗、化学药物治疗及放射治疗疗效之间的关系，为制定个体化、精准化的癌症综合性治疗策略提供思路（Signal Transduct Target Ther，2023）。在国际开展首项以EpCAM为靶分子，采用腹腔输注嵌合型抗原受体T(CAR-T)细胞治疗胃癌腹膜转移的临床试验(NCT03563326)，研究结果有望为治疗效果极差的胃癌腹膜转移患者提供新的治疗方法（Science Advances，2023）。构建了一种新型组织蛋白酶B响应共载AKT抑制剂及紫杉醇药物递送系统，为胃癌治疗提供了新的策略（Advanced Science，2023）。牵头编写我国胃癌领域专家共识4部：《中国腹腔镜胃癌根治手术质量控制专家共识（2017版）（2022版）》、《食管胃结合部腺癌外科治疗中国专家共识(2018年版)、（2024年版）》，引领我国胃癌学科发展。作为创始成员创建中国腹腔镜胃肠研究协作组，以共同作者在J Clin Oncol和JAMA发表论文。牵头制定中国腹腔镜技术考核与评价标准（CLSTA），推动我国腹腔镜技术规范有序开展。多次在国际国内学术会议上发表论文及做专题报告，并与韩国延世大学、韩国首尔大学、俄罗斯巴什基尔大学等国际知名单位保持研究合作与人才培养。主编《腹腔镜外科基础与培训》、《胃肠比较图谱》，参编国家级规划教材《外科学》等著作多部。获准国家高技术研究发展计划（863计划）、国家科技重大专项、国家自然科学基金、教育部新世纪优秀人才支持计划、四川省重点研发计划等国家级省部级科研课题20余项。获国家科技进步二等奖、四川省科技进步一等奖、四川省教学成果一等奖。发表SCI论文200余篇，培养博士、硕士、博士后60余人次。